Alatriste speelt zich ergens in de eerste helft van zeventiende eeuw af. Een nachtelijke Spaanse sabotageaanval wordt vanuit het water uitgevoerd op stellingen van het Vlaams leger. De aanvallers hebben geslepen messen, geladen pistolen en brandende lonten om de vuist gebonden. Op de soundtrack zijn in de verte Nederlandse stemmen te horen. Het is een eerste van vele conflicten waar de film de kijker mee confronteert. Alatriste laat zich samenvatten als een opsomming, een reeks losse aantekeningen en halve zinnen.
Terug in Spanje ontfermt Kapitein Alatriste (die eigenlijk officieel helemaal geen kapitein is) zich over Íñigo de Balboa, de zoon van een omgekomen slagveldmaatje. Enkele jaren later. Een geheime operatie in opdracht van de Spaanse kerk. Een zwaardgevecht in een donkere, verlaten steeg. Verraad. Aan de muur van een vazal hangt een portret door schilder Diego Velázquez. Hooggeplaatste dochter Angélica de Alquézar wil iets van Íñigo de Balboa. Een Spaans duel tussen kapitein Alatriste en huurmoordenaar Gualterio Malatesta, gespeeld door een Amerikaan (Viggo Mortensen met forse snor) en een Italiaan (Enrico Lo Verso, onherkenbaar achter zwarte baard). Intriges aan het koningshuis.
Het ziet er allemaal prachtig uit, maar hoe lang gaat deze film nog duren? Weer wat jaren later. Bombardementen in de loopgraven bij Breda. Geslepen messen, geladen pistolen en brandende lonten om de vuist gebonden. Bloed wordt rijkelijk vergoten. Kruipen door een lange tunnel. Met hulp van de dappere Alatriste verovert Ambrosio Spínola Breda. Acteurs en figuranten staan model voor een schilderij van Diego Velázquez. Hoogverraad.
Een paar jaar verder. Opnieuw een zwaardgevecht tussen Alatriste en Malatesta, ditmaal op een boot met een schatkist vol goud. Hooggeplaatste dochter Angélica de Alquézar wil toch niets met Íñigo de Balboa. Het duurt maar en het duurt maar. Alweer een duel voor zonsopgang in een donkere, verlaten steeg. Bloed wordt rijkelijk vergoten. Angélica de Alquézar heeft spijt dat ze toch niets wilde met Íñigo de Balboa. Nog meer intriges aan het koningshuis. Het zal allemaal wel, ik kan het nauwelijks bijhouden. Wie heeft nu weer een conflict met wie en waarom, en wat kan mij het eigenlijk schelen? Er lijkt maar geen einde te komen aan Alatriste. Ook Viggo Mortensen blijkt onsterfelijk.